Cisterna si trova alle porte dell'Agro pontino, in un territorio in larga parte pianeggiante, ad eccezione di piccoli rilievi dei Monti Lepini e dei Colli Albani, ai confini con i territori comunali di Cori e Velletri. Collocata a 19 Km a Nord di Latina e a circa 50 da Roma, è molto prossima al Litorale e al Parco Nazionale del Circeo. Fino al 1932, il suo territorio era fra i più grandi e vasti d'Italia, comprendendo una larga fetta delle antiche “paludi pontine”, di cui era l'ingresso. Successivamente parte del suo territorio fu ceduto al neonato Comune di Littoria, che poi divenne Latina.